1958年到昆明时，中科院昆明植物研究所还不叫所，是北京中科院植物所的一个工作站，被分配到刚成立仅有8人工作的资源植物化学组。这年底周俊任该组学术秘书，不久工作站改成研究所，此组改名为野生植物资源研究室。1964年研究室改名为植物化学研究室。周俊一直是植物学家蔡希陶、吴征镒领导下这一研究室的实际学术负责人。“文化大革命”后，周俊先后任中科院昆明植物研究所副所长、所长，中国植物学会副理事长等学术团体职务，1990年3月周俊辞去所有行政职务，集中力量进行植物化学的新领域和新方向的探索。
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