面对反动会道门的集中反弹，为了巩固新生政权，1953年1月，南京市委转发了市公安局《关于取缔反动会道门工作计划》，要求大张旗鼓地、全面地取缔反动会道门。接着在市委和各区区委领导下，成立了市、区取缔反动会道门指挥部。1月23日，南京市军管会再次命令取缔一贯道、同善社、后天九宫道、天德道、大刀会、小刀会等16种反动会道门。规定：反动道首及办道人员（“一贯道”的“点传师”、“坛主”、“三才”；“同善社”的4-6层办道人员及7层一行道首等等），均须到当地公安派出所挂号，在指定登记处办理登记。此布告发出后，公安机关集中逮捕了一批以办道起家、罪恶严重以及首次取缔后仍然继续进行非法活动的道首。查封了15个道坛。另外，为配合此次取缔反动会道门的行动，也为挽救被欺骗入道的群众，市公安局还于3月24日起在南京图书馆专门举办“取缔反动会道门展览”，以图片、实物及“一贯道”道徒的现身说法等方式，揭露反动会道门投靠日伪和国民政府，以及利用迷信骗取钱财等罪行。同时，又组织市民观看《害人的“一贯道”》电影，召开大型批斗会，由受害的苦主揭露反动会道门的罪恶，由悔悟的“一贯道”“三才”当众表演“一贯道”的“扶乩”。通过举办一系列形式多样的揭露“一贯道”的活动，一般道徒、会众都意识到了“一贯道”等会道门的欺骗性。他们纷纷行动起来检举反动会道门的组织和罪行。至2月上旬，全市共收到群众检举“一贯道”材料5024件。在此情形下，市取缔反动会道门指挥部因势利导，制定了《道徒退道办法》，要求所有被欺骗误入反动会道门的一般道徒、会众，均须退道、退会。退道方式，可采取个别自动到派出所退道，集体联名声明退道，或在各种形式会议上声明退道。到2月12日，全市有各种反动会道门办道人员1453名到公安机关办理登记手续。收缴的各类反动证件6800余件，还没收大量诈骗而得的黄金、白银和银元。自动退道者49248人。经过民主评议和诉苦受害的事实，将没收的财物退还给了受害最深、生活困难的1299位苦主。
1953年初的行动，基本上清除了“一贯道”等反动会道门的组织力量。但尚有漏网之鱼和新生的反动会道门在不同程度地活跃着，加上又有新划入市区的乡镇取缔不彻底的情况，1953年6月，市委下发了《取缔峻化聚善堂等11种反动会道门指示》，于7月份取缔了“峻化聚善堂”等11种反动会道门。又于10月份，取缔了新发现的“五仙坛”等9种反动会道门。1954年7月，在市取缔反动会道门指挥部的领导下，又取缔了反动会道门组织“中华理教会”。该会是继“一贯道”之后又一规模较大的反动会道门，始建于抗战前，在陈立夫、陈果夫支持下，打着“戒烟戒酒”的幌子，积极发展组织。日伪时，又以办理会务为名与日寇狼狈为奸，打击迫害共产党员和进步学生。抗战胜利后，该会参加中统，为国民党政权服务。解放后，该会主要会首私藏枪支，组织“反共抗俄救国军”，阴谋反抗新生政权。因之，“一贯道”被取缔之后，该会即成为新政府重点打击的对象。在取缔的方式方法上，南京市公安部门借鉴过去的成功经验，进行了广泛深入的宣传教育，召开各种宣传会，着重揭发了该会以戒烟戒酒为幌子，进行反革命活动的罪证。到1954年11月，全市共登记该会“承办”以上的会首和办会人员607名，6893名会众声明退会。
至此，南京先后共取缔反动会道门37种，查封道坛87处，登记办道、办会人员2000余人，有5万余人退道、退会。基本肃清了反动会道门组织，巩固和加强了人民民主专政，同时也净化了社会风气，对新政权经济和文化建设都有很大裨益。