中西医结合临床学院
安徽中医药大学中西医结合临床学院前身是安徽中医药大学基础部，1993年10月成立中西医结合系。2004年11月，为适应学校建设和学科发展的需要，中西医结合系更名为“中西医结合临床学院”。中西医结合临床学院现有人体解剖学、组胚与生物学、生理学、病理学、药理学、生物化学与分子生物学、微生物与免疫学、寄生虫学、全科医学基础等9个学科教研室和形态、机能、代谢等3个实验教学中心，1个临床检验中心。拥有中西医结合基础硕士学位授权点，中西医临床医学和中西医临床医学（全科医学方向）2个本科专业。2002年学校成立安徽中医学院中西医结合研究所，下设4个研究室，为安徽省中医药科学院的重要组成部分。现有教职工86人，其中，高级职称35人；博士学位18人，硕士学位以上45人；安徽省优秀中青年骨干教师2人，省级教学名师1人，校教学名师2人，校优秀中青年骨干教师2人，校教学精英2人，校教坛新秀3人。近5年承担国家自然科学基金、安徽省自然科学基金等厅级科研课题68项，教学研究课题10项。主编副主编全国规划教材8部，参编教材42部，获安徽省教学成果三等奖3项。
药学院
安徽中医药大学药学院前身是1972年安徽医学院开设的药学班，1974年建系，1976年从安徽医学院分出，成立安徽中医学院药学系，2004年1月成立药学院，是全国高等中医药院校中药学类专业较为齐全、师资力量和学术水平较强的药学院（系）之一。已为国家培养药学人才7000余人，现在校学生近2000人。
现有教职工110余人，教授16人，副教授35人，有博士学位教师22人，硕士生导师34人，博士生导师2人。现有药学、中药学、制药工程、药物制剂等4个本科专业（方向），药物分析与检验1个专科专业。2011年新获准4个硕士学位授权点，现有中药学、药学一级学科硕士点以及生药学等7个二级学科硕士点；2008年获得免试推荐硕士生资格；2009年获准博士学位授权立项建设单位。
药学院设有药用基础化学、数理、药物分析、中药化学、药物化学与制药工程、药剂学、中药药理学、药事管理与临床药学、中药与中药资源学等9个教研室及实验教学中心、中药标本中心、药用植物园。拥有1个国家中医药管理局重点学科及4个重点学科协作建设单位，1个省级重点学科，1个省级基础课实验教学示范中心，2个省级重点实验室，3个省级工程研究中心，与企业共建省级工程技术研究中心7个。中药学教学团队为国家级教学团队，拥有3个省级115创新团队，中药学、药学专业为国家教育部特色专业。
药学院积极推行院级教学体制改革，学院教师承担省级质量工程项目13项、校级质量工程项目24项，发表教学改革相关论文33篇，获国家级教学成果二等奖1项，省级教学成果奖10项，中药药理学、药用植物学、药剂学被评为省级精品课程；重视实践教学环节，确定黄山和亳州两大专业课程见习基地，建立了省内外40余家生产实习和毕业实习基地。毕业生遍及省内外医药行业并成为重要骨干力量，连续5年毕业生一次性就业率均达95%以上。