作为我省药学研究的最重要基地，药学院在科学研究与产学研结合方面形成了一大批标志性成果。先后承担各级各类课题200余项；积极开展产学研活动，建有30余个产学研合作基地；获国家、安徽省科技进步奖40余项；申请发明专利70余项；编写专著、教材60余部；发表学术论文700余篇，其中SCI收录53篇。成为具有一定实力的药学科研单位。
医药经济管理学院
安徽中医药大学医药经济管理学院的前身医药经济管理系成立于2001年8月，2005年9月正式成立医药经济管理学院，是学校第一个医药科学与人文社会科学相结合的二级学院。2005年，学校心理咨询中心设在医药经济管理学院，为全校学生提供心理咨询服务。
医药经济管理学院在学校领导的带领下，勤奋务实，扎实肯干，励精图治，坚持社会主义办学方向，以医药、心理事业的发展为己任，秉承“至精至诚、惟真惟新”的校风学风，恪守“以生为本、以德为先”的教育理念，现已培养出一批在思想素质高，敬业精神好、适应岗位快、工作作风实、专业基础牢、创新能力强的各类人才，深受社会欢迎。医药经济管理学院毕业生广受欢迎，连续三年获得学校毕业生就业先进和标兵单位。现在的医药经济管理学院业已成为安徽乃至全国医药、心理行业人才培养的重要基地。
医药经济管理学院坚持以外延拓展和内涵发展相结合，以内涵发展为主的发展战略。在外延拓展上，医药经济管理学院积极拓展实习科研就业基地，在北京国奥心理医院、北京安汀药业、合肥曼迪新药业、马鞍山十一中、合肥栢景湾小学等企事业单位建立了广泛的联系和合作。在内涵建设上，医药经济管理学院强化专业建设、教研室和实验室建设，现有应用心理学、国际经济与贸易、人力资源管理、公共事业管理、药品营销等五个专业，在校生近1200名。有心理学教研室等六个教研室和两个实验室。拥有一批来自中国科学技术大学、东南大学、北京师范大学、南京师范大学、厦门大学、中南大学等重点高校毕业的研究生教师，形成了很好的教学梯队和团队。
医药经济管理学院人正以饱满的热情，积极投身到学院的新一轮发展当中去，我们凝心聚力，开拓进取，科学谋划，相信我们的未来会更美好，更璀璨。
医药信息工程学院
安徽中医药大学医药信息工程学院于2002年成立。现设有计算机基础、信息系统设计、医药信息学、计算机专业实验教学研究中心、计算机组成和系统结构、软件工程、信息资源管理、网络技术与应用、计算机基础实验教学研究中心9个教研室（实验中心）。 现有教职工45人，兼职教师11人，其中教授1人，副教授10人，博士及在读4人，硕士36人。学院现有信息管理与信息系统、计算机科学与技术（医药软件开发）、计算机科学与技术（2+2中韩校际交流）、计算机科学与技术（信息系统工程监理）和医疗器械工程5个全日制本科专业（方向），着重培养具备中医药背景知识的医药信息技术、医药信息管理和计算机类医药软件开发等高级复合型人才。全日制在校生800余人，并已获批招收中医信息学专业全日制硕士研究生。